Sv. Václav a Boleslav I.

Rok po tomto sněmu umírá Maxmilián II. a příhoda z jeho pražského pohřbu, kde se v uličkách Starého Města průvod rozprchl, když uslyšel řinkot zbraní, nejlépe doklídí atmosféru panující v Čechách. Panovali obavy z katolické výchovy nového krále, jenž ovšem se předevší snažil stabilizovat poměry v zemi a počítal se spíše dlouhodobější rekatolizací. Proto více důvěřoval Vuilémovi jako zkušenému rádcovi a dokonce ho povolal do tajné rady. Vilém, jenž se stačil r.1578 potřetí oženit tentokrát s katoličkou Annou Marií Bádenskou sestrou tamního markraběte Filipa II., i nadále prosazoval svébytnost až výlučnost Čech v habsburském soustátí. Ovšem další vývoj poznamenal počátek 80. let a to především nemoci obou nejvýznamějších mužů království panovníka a purkrabího. Upoutáním na lůžko Viléma stálo vliv na mladého panovníka, od přelomu let 1580 a 1581 značně nevyrovnaného, který získal na jeho úkor Jiří starší Popel z Lobkovic. Ten se přes úřady nejvyššího zemského sudího a komorníka propracoval k nejvyššímu hofmistrovství. Navíc ve stejné době umírají dlouholetí spolupracovníci purkrabího kancléř Vratislav z Perštejna a komorník Bohuslav Felix Hasištejnský z Lobkovic i jeho 3. žena opět bez zanechaného potomka. Podařilo se mu sice prosadit do kancléřského úřadu psynovce Adama II. z Hradce, ale po konverzi bratra Petra Voka k Jednotě bratrské se s ním definitivně rozešel.[1]

Nemoc mu rovněž nutila k přemýšlení o posledních věcech života a i proto se nyní více přikláněl k radikálnějšímu katolicismu kupř. pozváním jezuitů na své dominium, kteří V Českém Krumlově nakonec r. 1586 založili svou kolej. R. 1588 sáhl na vyšebrodském panství dokonce k násilnému obrácení svých poddaných ke katolictví a to i přesto,že ještě před 4 roky pomohl Janu z Boskovic a u Rudolfa II. vyjednal podporu novojičínským luteránům. Z těchto 2 událostí se zdá, že rozlišoval mezi svým panstvím, kde by měl mít absolutní moc, a zbytkem země, kde byl pro určitou toleranci. Ostatně ani stav katolické církve na jeho vlastním panství nebyl nijak uspokojivý, jak zjistil se zděšením papežský nuncius Bonhomini při zdejší návštěvě. Jednalo se především o nedostatky mravní- nedodržování celibátu a vzdělanostní-neznalost latiny.[2]

Vilém se na sklonku života stále více přikláněl na habsburskou stranu např. najal pro Španěly tisíce zákopníků mezi chudinou a rybníkáři na pomoc v nizozemských válkách. R. 1584 mu byl i zato udělen španělským králem jako 3. Čechovi po Vratislavovi z Pernštejna a Jáchymovi z Hradce Řád Zlatého rouna. Krátce nato se naposledy oženil s mladou českou šlechtičnou -  dcerou Vratislava z Pernštejna Polyxenou.[3] Na konci života se stačil s diplomatickým jednaním dostat ještě jednou do Polska. Tentokrát aby vyjednal propuštění rakouského arciknížete Maxmiliána, který se poněkud zbrkle po dvojí volbě v Polsku po smrti Štěpána Báthoryho pokusil obsadit Krakov a na ústupu do Slezka byl zajat. Rudolf II. nejprve myslel na válku, ale kvůli odporu českých stavů vedených Vilémem i papeže přistoupil k vyjednávání, jímž pověřil poměrů znalého Rožmberka. Původně vypadala celá výprava na neúspěch, ale osobní jednání pražského purkrabího a polského kancléře Jana Zamoyského vedli k dohodě o propuštění vězně za zrušení politických a územních zisků Habsburků. Z tohoto poslání se vrátil s vážně poškozeným zdravím a jeho podíl na vládě slábl. Ještě před svou smrtí se stačil usmířit se svým bratrem, který po Vilémově skonu 31. srpna 1592 v Rožmberském paláci v Praze stává hlavním dědicem. Získává většinu dominia, krom roudnického panství odkazané Polyxeně, [4]ovšem s ním i obrovské dluhy zanechané bratrem ve výši 767 824 kop grošů míšeňských ne-li vyšší zhruba milión.[5] Pohřeb se konal zcela v režii jezuitů 26. řijna v Praze odkud se posleze menší průvod odebral do Českého Krumlova, kde je ve zdejším farním kostele sv. Víta pohřben vedle své 3. manželky.[6]